1952年全國院系調(diào)整后，原中山大學文理院系與嶺南大學文理院系合并，組成新的中山大學，中山大學入主原嶺南大學校址康樂園。1952年開始，全國高等學校進行了大規(guī)模的院系調(diào)整。
　　中山大學工學院、農(nóng)學院、醫(yī)學院、教育學院調(diào)出，組建華南工學院（華南理工大學）、華南農(nóng)學院（華南農(nóng)業(yè)大學）、華南醫(yī)學院（中山醫(yī)科大學）、華南師范學院（即華南師范大學）。
　　中山大學天文系由趙卻民教授率領調(diào)往南京大學。中山大學地質(zhì)系主任陳國達教授率領全系師生49人調(diào)去湖南中南礦冶學院（現(xiàn)中南大學）。中山大學哲學系由系主任朱謙之教授率領前往北京大學。中山大學人類學系由人類學系主任楊成志教授率領調(diào)往北京中央民族學院。分別于1952年10月16、17、20日前往南京、長沙、北京等地報到。
　　新組建的中山大學校區(qū)由石牌遷至原嶺南大學校址。中山大學原石牌校址，遷入了新組建的華南工學院、華南農(nóng)學院等學校，中山大學原百子崗校址，興辦華南醫(yī)學院。
　　1952年院系調(diào)整后分設的中山大學和中山醫(yī)科大學于2001年10月合并而成，調(diào)整后的新的中山大學，設有中文、外文、歷史、語言、數(shù)學、物理、化學、生物、地理、財政、金融、會計、貿(mào)易、企業(yè)管理、政治、法律、社會、經(jīng)濟等18個系，另有俄文、會計、金融、企業(yè)管理4個專修科，中國語言文學、歷史、植物等3個研究所。
　　1953年7月開始第二次院系調(diào)整。
　　中山大學的財經(jīng)、政法各系分別調(diào)至武漢大學、中南財經(jīng)學院、中南政法學院等院校。同時對圖書、儀器、設備等進行了調(diào)配。中山大學圖書館原藏有前華南聯(lián)合大學及廣東法商學院所藏財經(jīng)政法圖書資料，全部調(diào)配給中南財經(jīng)學院、中南政法學院。
　　1954年，將全國惟一的語言系由中山大學調(diào)整到北京大學，語言系主任王力教授帶領全系師生48人整體遷出。中山大學植物研究所劃歸中國科學院管理（現(xiàn)華南植物園）。同時將原武漢大學、湖南大學、廣西大學、南昌大學、華中師范大學、廣東法商學院（現(xiàn)廣東財經(jīng)大學）等院校部分有關(guān)科系師生調(diào)至中山大學。
　　1981年成為中國首批有權(quán)授予博士、碩士學位的單位之一。
　　1987年12月，國家教委批準中山大學嶺南（大學）學院成立。
　　1997年，進入國家“211工程”序列。
　　2001年1月，進入國家“985工程”序列。
　　2001年10月，原中山大學和中山醫(yī)科大學合并組建新的中山大學。10月26日舉行“中山大學、中山醫(yī)科大學合并組建新的中山大學”。
　　2010年11月中山大學醫(yī)科成為教育部、衛(wèi)生部首批共建高校醫(yī)學院。