在1900年的義和團(tuán)事件后，匯文大學(xué)和協(xié)和大學(xué)。這兩所私立教會大學(xué)試圖合并，卻因內(nèi)在矛盾太多，多次協(xié)商未果。1916年后，分別由美國長老會、美以美會、美國女公會、公理會、英國倫敦會等合辦，初期名為“北京大學(xué)”。但是這個(gè)北京大學(xué)跟我們知道的和京師大學(xué)堂演變成的北京大學(xué)是一點(diǎn)關(guān)系都沒有的，最初的燕京大學(xué)也叫北京大學(xué)，而且英文名字和北京大學(xué)是一模一樣的，中英文都是一模一樣的。
由于是不同的教會合辦、不同的學(xué)校合并，所以起初管理非常混亂，一直沒有滿意的校長，直到1919年司徒雷登出任校長，才開始有了轉(zhuǎn)變。正式成立了燕京大學(xué)。1921年校長司徒雷登獲得美國著名出版商亨利·盧斯及美鋁公司創(chuàng)辦人CharlesMartinHall的捐款，在北京西郊購買了數(shù)處前清親王賜園，聘請建筑設(shè)計(jì)師墨菲進(jìn)行總體規(guī)劃，建造了近代中國規(guī)模最大、質(zhì)量最高、環(huán)境最優(yōu)美的一所校園。
燕京大學(xué)的東西軸線以玉泉山塔為對景，從校友門經(jīng)石拱橋、華表（取自圓明園廢墟），方院兩側(cè)是九開間的廡殿頂建筑穆樓和民主樓，正面是歇山頂?shù)呢惞珮牵ㄐ姓䴓牵�，兩�?cè)是宗教樓和圖書館，沿中軸線繼續(xù)向東，一直到未名湖中的思義亭，湖畔還有博雅塔、臨湖軒。東部以未名湖為界，分為北部的男院和貝公樓。南部的女院。男院包括德、才、均、備4幢男生宿舍以及華氏體育館。女院沿一條南北軸線，分布適樓、南北閣、女生宿舍和鮑氏體育館。燕京大學(xué)建筑群在外部盡量模仿中國古典建筑，在內(nèi)部使用功能方面則盡量采用當(dāng)時(shí)最先進(jìn)的設(shè)備：暖氣、熱水、抽水馬桶、浴缸、飲水噴泉等等。1926年，正式遷址。
1927年，燕大與哈佛大學(xué)合作組成了著名的哈佛燕京學(xué)社，促進(jìn)中美文化交流。到1930年代，燕大已發(fā)展成為中國學(xué)術(shù)水平最高的教會大學(xué)。
燕京大學(xué)（1919-1952）雖為教會學(xué)校，但其本著“因真理，得自由，以服務(wù)”的精神，實(shí)行的卻是綜合教育：全人格教育、博雅通識教育、身心靈健康教育（1920年代初，取消了宗教儀式和宗教必修課，同時(shí)加強(qiáng)了國學(xué)課程，規(guī)定學(xué)生必須修滿一定的國學(xué)課程才能畢業(yè)）。自1919年草創(chuàng)，至1952年停辦的短短33年中，創(chuàng)下了中國大學(xué)教育史上的兩大奇跡：
第一，創(chuàng)辦頭10年間，燕京大學(xué)就從一個(gè)三校（匯文大學(xué)、華北協(xié)和女子大學(xué)、通州協(xié)和大學(xué)）合并、互相扯皮的“爛攤子”，一躍成為可與中國乃至國際知名的一流大學(xué)比肩的綜合性大學(xué)；
第二，在戰(zhàn)亂中成長，燕京大學(xué)的學(xué)科設(shè)置在中國大學(xué)史上是開創(chuàng)性的，燕大培育的注冊學(xué)生雖然總共僅9988人，不如今天中國一個(gè)三類大學(xué)的學(xué)生規(guī)模，但卻有一大批杰出人物。謝婉瑩（冰心）、費(fèi)孝通、吳文藻、李安宅、周一良、周汝昌、余英時(shí)、李慎之、資中筠、黃昆、吳興華、王世襄、阮銘、侯仁之、林啟武、連士升、翁心植、王夔、翁獨(dú)健、林書顏、丁漢波、鄭德坤、蔣彥永、鄭念、鄧家棟、趙蘭坤、黃篤修、杜聯(lián)喆、房兆楹、沈昌煥、俞啟威、沈劍虹、江平、劉家棟、陳浩、張鳴岐、張貽、余夢燕、魏景蒙、侯祥麟、秦希廉、譚其驤、黃華、周南、柯華、蕭乾……；
42位中國科學(xué)院院士，11位中國工程院院士；91名學(xué)科奠基人；中國工業(yè)化過程中有所發(fā)明或研制出重要產(chǎn)品及重要發(fā)明的發(fā)明家有7人；
第二次世界大戰(zhàn)結(jié)束時(shí)，在密蘇里巡洋艦上見證日本投降的3位中國記者，朱啟平、黎秀石、曾恩波全部來自燕大，二戰(zhàn)時(shí)期，中國駐國外各大城市的新聞特派員，十有八九是燕京新聞系畢業(yè)生；
1979年，鄧小平訪美，21人的代表團(tuán)中包含了7名燕京畢業(yè)生。
1952年全國院系調(diào)整，燕京大學(xué)被拆分，文科、理科等并入北京大學(xué)，工科并入清華大學(xué)。由燕京大學(xué)直接拆分而成的大學(xué)包括：中國政法大學(xué)（燕京大學(xué)法學(xué)院）、中央財(cái)經(jīng)大學(xué)（燕京大學(xué)經(jīng)濟(jì)系）、中央民族大學(xué)（燕京大學(xué)歷史系）。
1898年6月11日，光緒帝下《明定國是詔》，正式提出要興辦京師大學(xué)堂。同年7月3日，京師大學(xué)堂在孫家鼐的主持下在北京創(chuàng)立，最初校址在北京景山東街（馬神廟）和沙灘（故宮的東北）紅樓（北京五四大街29號）等處。京師大學(xué)堂是中國近代第一所正式大學(xué)。1900年，八國聯(lián)軍侵華，打入北京后，京師大學(xué)堂遭受破壞。1902年12月，京師大學(xué)堂恢復(fù)。吏部尚書張百熙任管學(xué)大臣。吳汝綸和辜鴻銘任正副總教習(xí)，嚴(yán)復(fù)和林紓分任大學(xué)堂譯書局總辦和副總辦。創(chuàng)辦于1862年洋務(wù)運(yùn)動期間的京師同文館也并入大學(xué)堂。1904年選派首批47名學(xué)生出國留學(xué)。北京大學(xué)社團(tuán)活動(11張)自國子監(jiān)和科舉制度取消、京師大學(xué)堂成立以后，京師大學(xué)堂即成為中國惟一官方最高學(xué)府和官方教育行政機(jī)構(gòu)，加上各方最優(yōu)秀之士子大部分均投身京師大學(xué)堂，從職能、學(xué)統(tǒng)等方面均顯示出京師大學(xué)堂與國子監(jiān)之間的傳承，因此不少學(xué)者皆認(rèn)為京師大學(xué)堂（北京大學(xué)）是中國太學(xué)的惟一正統(tǒng)繼承者。