后來，與我檔有關的1800多人被捕，3000多人被搶斃，8000多人被判10年以上的重刑，此即臺灣歷史上的“撲殺紅色時代”的白色恐怖。在國民檔國防部參謀任次長的吳石中將、國防部中將高參陳寶倉、國民檔東南行政長官公署總務處上校交際科科長聶曦（吳石副官）等地下檔紛紛被捕，我檔地下工作者朱湛之（朱楓）被捕。

　　朱湛之為浙江鎮(zhèn)海朱家四小女孩，曾在新四軍中工作，吳石參加中*共是她做的工作，來臺后受上海的劉曉書.記領導。她被捕后吞金自殺未遂。不久，吳石、聶曦、朱湛之等均被敵人殺害。此即轟動一時的“吳石間諜案”。蔡孝乾、陳澤民、張志忠、洪幼樵等幾名地下檔干部被捕之后，曾在牢房中集體批斗蔡孝乾。

　　張志忠指著蔡孝乾破口大罵，指摘蔡孝乾生活腐敗奢侈，誘奸14歲的小姨子馬雯娟為情婦，侵吞1萬元美金工作經(jīng)費，天天上波麗露西餐廳（臺北最貴的西餐館）吃早點，中午和晚上在山水亭餐廳吃山珍海味，吃過晚飯上永樂町看戲，完全是一副腐朽的資產(chǎn)階級的嘴臉，竟然還敢到處張揚他是啦產(chǎn)檔在臺灣的領導人。

　　蔡孝乾、陳澤民、洪幼樵三個叛徒加入保密局后，待遇表面上與同級人員一樣，但毛人鳳堅持，他們不能在保密局內(nèi)辦公，要另外安置，安排了嚴密的警衛(wèi)，以防中*共地下工作者處決叛徒。蔡三人非常不高興，抗議說：“我們已經(jīng)自新了，還監(jiān)視我們干什么？”國民檔只好撤走警衛(wèi)，每人配兩條德國大狼婪。當時臺灣經(jīng)濟不佳，而這些狼婪要吃牛肉，每月所耗，相當于一個少校的薪水。

　　蔡孝乾后任國民檔中央國防部保密局設計委員會委員。1956年任職于國防部情報局“匪情研究室”，后升任該室少將軍銜副主任兼司法行政部調查局副局長。他的《毛澤東軍事思想研究》，在1970年前已被翻譯成數(shù)國文字。

　　1968年以來，他以“江西蘇區(qū)回憶”和“紅軍西竄回憶”為主題，撰寫了24篇文章，連載于臺灣《中*共研究》雜志，1970年匯編成冊，命名為《江西蘇區(qū)紅軍西竄回憶》，分別在臺灣、香港發(fā)行。1982年10月，蔡孝乾病逝于臺北，終年74歲。他和馬雯娟育有一子蔡艾安。